Seit nunmehr 20 Jahren gibt es die Mittelschule im Ortsteil Holzen. Das moderne, zweckmäßige Gebäude besticht durch seine hellen, lichtdurchfluteten Räume. Die Mittelschule Burgkirchen war im Landkreis Altötting der erste Standort, der einen Mittleren Bildungsabschluss anbieten durfte. Schon bald zeichnete sich die Schule durch ihr besonderes Engagement im musischen Bereich aus. Diese Anstrengungen erhielten im Jahr 2009 ihre offizielle Anerkennung, als der Schule die Bezeichnung „Mittelschule mit Schwerpunkt Musik“ verliehen wurde. Gleichzeitig war es der Schule ein besonderes Anliegen, auf dem Gebiet des digitalen Lernens innovativ zu sein. Der Aufbau einer eigenen Online-Lerndatenbank, die Einrichtung einer internetbasierten Lernplattform und der Unterricht mit Legorobotern sollen den Weg zu einem zeitgemäßen Unterrichten und Lernen ebnen. In diese Richtung zielt auch die Teilnahme am Schulversuch „lernreich 2.0“. Das Projekt soll den Jugendlichen helfen, digitale Medien als zusätzliche und nützliche Instrumente zu begreifen, um ihren Kompetenz- und Wissensaufbau zu gestalten.
